Amin blieb jedoch nicht lange an der Macht: Am 27. Dezember 1979 kam es zum Einmarsch sowjetischer Truppen, in deren Folge Amin getötet wurde und Babrak Karmal als Staats-, Regierungs- und Parteichef eingesetzt wurde. Seitdem bemühten sich die sowjetischen Einheiten, deren Zahl Mitte der 1980er Jahre etwa 118.000 betrug, die Regierungsautorität in allen Teilen des Landes wiederherzustellen.

Eine Gruppe afghanischer Widerstandskämpfer

Der Widerstand gegen Karmal und die sowjetische Besatzungsmacht wuchs rasch an. Seit 1980 kämpften, kollektiv als Mujaheddin (ursprünglich eine Bezeichnung für den islamischen Glaubenskämpfer im Heiligen Krieg) bezeichnet, verschiedene regionale Gruppen innerhalb Afghanistans gegen die sowjetische Besetzung. Der Widerstand wurde dabei besonders durch die mehr als drei Millionen Kriegsflüchtlinge in Pakistan unterstützt.

Die USA hatten auf den sowjetischen Einmarsch in Afghanistan mit Protest reagiert. Sie verhängten ein Weizenembargo gegen die Sowjetunion und boykotierten die Olympiade 1980 in Moskau. Gleichzeitig wurde jedoch auch ein verdecktes Programm zur Unterstützung des afghanischen Widerstandes initiiert, das in den folgenden Jahren unter US-Präsident Ronald Reagan kontinuierlich ausgeweitet wurde.

Am 4. Mai 1986 wurde Karmal von Mohammed Nadschibullah, dem früheren Leiter der Staatspolizei abgelöst. Eine Kampagne der „nationalen Wiederversöhnung“, welche auch einen sechsmonatigen Waffenstillstand vorsah, stieß bei den Mujaheddin jedoch auf wenig Resonanz. Dies lag auch daran, dass sich mit der Zunahme ausländischer Militärhilfe seit Ende 1986 die militärische Situation für die Widerstandskämpfer entscheidend verbessert hatte. Die USA, Großbritannien und China lieferten über Pakistan Waffen an die Freiheitskämpfer, wovon besonders die amerikanischen Stinger-Flugabwehrraketen, den sowjetischen Luftkräften empfindliche Verluste zufügte.

Sowjetische Panzer überqueren am 6.2.1989 nach neunjähriger Besetzung den Grenzfluss Amudarja in Richtung Norden

Als die Kabuler Regierung Ende der 1980er Jahre praktisch nur noch die größeren Städte und die wichtigsten Verbindungswege kontrollierte, entschied sich Moskau, seine Truppen aus Afghanistan abzuziehen. Am 14. April 1988 wurde zwischen den USA, der Sowjetunion, Pakistan und Afghanistan ein Abkommen in Genf unterzeichnet, das neben dem russischen Truppenabzug innerhalb der nächsten neun Monaten auch ein afghanisch-pakistanisches Abkommen vorsah, in welchem beide Länder erklärten, eine Einmischung und Intervention in die inneren Angelegenheiten des anderen Landes zu unterlassen. Zudem wurde die Rückkehr von afghanischen Flüchtlingen in ihr Heimatland beschlossen. Die Frage, wer nach dem sowjetischen Abzug regieren sollte, wurde nicht behandelt.